パソコンを初期化すると基本的にすべてのデータは消去されると考えてください。
メーカー製のパソコンの場合、出荷時に戻るのが一般的です。
ですから、出荷時にインストールされているソフトは消えませんが
跡から追加したソフトや保存したデータは消えてしまいます。
間違って初期化することは無いと思いますが、初期化する場合には
有料ソフトのインストール媒体やプロダクトコードは別で保管しておきましょう。
そうすれば、初期化しても再インストールできます。
中には初期化したことを通知してから、再インストールするという
手順が必要になるソフトもありますので注意しましょう。
なお、初期化されると基本的には全てリセットされますが、
パソコンのメモリ上には一定の情報が残されているので、
専用のソフトを使用すると消えたデータやソフトの情報も復活させることができます。
全てのデータを完全復活できるわけではないですが、初期化ではなく
間違ってデータを消してしまった場合などは、ソフトを使うことで
復活できる可能性は残っています。
パソコンを捨てたいから初期化するという人も中に入るようですが、
物理的にパソコンを破壊するほうが個人情報保護という点からすれば、
正しい破棄方法と言えるでしょう。
業者に依頼すれば、安全にパソコンのデータを破壊してくれますが、
どこから情報が流出するかわからない世の中なので、自分で確実に
処分するほうが安心できるかもしれません。